Le site des Îles des Moines se situe dans son intégralité dans la réserve naturelle des Bouches de Bonifacio. Son périmètre s’étend de la limite avec la commune de Monacia d’Aullene et rejoint la rive Sud du golf de Porto-Vecchio, au niveau de la pointe de Chiappa. Sa superficie est de 94 612 hectares et est entièrement marine.
Il a été classé en Zone Spéciale de Conservation en raison de la présence du Grand Dauphin et de la tortue Caouanne, tous deux inscrits sur l’annexe II de la directive « Habitat ». Ce site recouvre une diversité de milieux marins d’importance écologique majeur. Les espèces et les habitats y trouvent des conditions de vie idéales. Plusieurs îlots présents au sein de ce périmètre sont déjà inscrits au réseau Natura 2000 du fait de leur importance écologique .
La région du site est l’une des rares en Corse à contenir un substrat calcaire, formation la plus spécifique, avec la présence de concrétion calcites, visible dans les grottes ou en draperie le long des falaises de Bonifacio.